Что хотелось бы, чтобы Вы знали к моменту защиты диплома.

«Меня дети любят, только подходить боятся»
Из А. Райкина.
«Главное - человека родить. 
Родил - на том спасибо, 
а уж дойти он должен сам до всего. 
Вот, возьмите меня: пить, курить, 
говорить я начал одновременно, 
никто меня не учил.»
Из А. Райкина.

Здесь собраны и коротко проаннотированы (некоторые совсем коротко — т.е., никак) книжки, содержание которых нужно знать, чтобы вести научную работу в области теоретической (физической) химии и быть конкурентоспособным на этом рынке. Я постарался найти в интернете сканы, но удалось это не всегда. Не смущайтесь тем, что книги довольно старые: прежде чем заняться собственными исследованиями (а это полноценно делается только в аспирантуре) Вам ещё нужно учиться — и это пока главное. Мы постараемся сделать этот процесс как можно менее скучным за счёт курсовых работ и (при желании) участии в идущих проектах с тем, чтобы вы могли всё же почувствовать вкус того, чем Вам придётся заниматься. Внутри каждого раздела книги упорядочены от более простых к более сложным. Начинать читать можно с любой, но - если чувствуете дискомфорт — перейдите на уровень ниже — не беда; все учатся по-разному. Не смущайтесь и «бездной премудрости»: всё, что один человек придумал, другой может понять (если захочет). Кроме того материал довольно сильно перекрывается: физика-то ведь она одна и та же, что у Фейнмана в калтехе, что в Беркли... У остальных — то же самое.

  1. Математика: Линейная алгебра, Анализ и всё, всё, всё...
  1.  Физика.
  1.  Квантовая механика
  1.  Физическая химия
  1.  Квантовая химия.
  1.  Строение молекул, вещества. Физические методы исследования. 
  1.  Кругозор.
  1. Программирование и компьютерная грамотность.

    Я не знаю, как будет выглядеть язык программирования XXII века, но называться он будет ФОРТРАН. Хороших книг по нему практически нет, но ничего не поделаешь — все работающие квантовохимические программы написаны на фортране, значит придётся выучить. Ну мы же выучили...

    Более содержательная рекомендация такова:
    Программирование для нас - не наука, а ремесло. Есть наука программирования; про то, что она есть, неплохо бы знать, но не более того. Наша наука - другая, и всеми на свете мы заниматься не можем. Ремеслу же учатся на практике. Поэтому нужно раздобыть работающий компилятор фортрана и для начала попробовать

  1.  Английский язык. 
    Хотите Вы или нет, а английский останется языком науки ещё так лет на сто, а может и больше. Значит придётся выучить. Ну мы же выучили...